W latach 1949-1963 szkoła mieściła się w prywatnym domu. Była to szkoła II-klasowa z jedną izbą lekcyjną. Obie klasy prowadziła pani Maria Zieńczyk. W kolejnych latach zorganizowano cztery klasy, a następnie pięć klas. Warunki nauczania były bardzo trudne, dzieci uczyły się na dwie zmiany.

W roku 1960-kierownikiem szkoły był wtedy pan Henryk Niewiarowski - rozpoczęto budowę szkoły na Judziance. Budowa trwała 3 lata. W 1963 roku nastąpiło uroczyste otwarcie nowego gmachu szkoły. Zdecydowanie uległy poprawie warunki nauczania, dzieci i nauczyciele przenieśli się do jasnych, przestronnych sal, wszyscy brali udział w urządzaniu nowej szkoły.

W latach 1970-1973 kierownikiem, a następnie dyrektorem ośmioklasowej szkoły był pan Wieczysław Fedosiewicz. W latach 1977- 1982 szkoła była filią SP nr 1 i SP nr 5.

Od roku szkolnego 1982/1983 placówka funkcjonowała znów samodzielnie, pod kierunkiem pani dyrektor Zenaidy Filinowicz. W latach 1984-1999 liczba uczniów pobierających naukę, co roku wynosiła średnio ok. 210.

Wraz z wprowadzeniem reformy oświaty, od roku 1999 Szkoła Podstawowa nr 3 w Hajnówce stała się szkołą sześcioklasową, a od roku 2018 szkołą ośmioklasową.

W 2018 r. decyzją Rady Miasta Hajnówka naszej szkole nadano imię dr. Kazimierza Ptaszyńskiego (Uchwały Nr XXXVIII/268/18 Rady Miasta Hajnówka z dnia 27 marca 2018 r. w sprawie nadania imienia Szkole Podstawowej Nr 3 w Hajnówce).

W dniu 04 września 2020 r. odbyła się uroczystość wręczenia sztandaru i nadania Szkole Podstawowej nr 3 w Hajnówce imienia dr. Kazimierza Ptaszyńskiego. Poświecenia dokonał Jego Ekscelencja Biskup Drohiczyński dr Piotr Sawczuk wraz z ks. prałatem Zbigniewem Niemyjskim oraz Jego Ekscelencja Biskup Hajnowski Paweł wraz z ks. mitratem Jerzym Ackiewiczem.

W czerwcu 2023 roku rozpoczął się długo wyczekiwany remont naszej placówki. Szkoła zyskała 4 sale lekcyjne, oddano do użytku boisko wielofunkcyjne i altanę edukacyjną. W odnowionym budynku szkoły uczniowie korzystają z odremontowanych sal lekcyjnych, zaopatrzonych w nowoczesny sprzęt audiowizualny oraz z w pełni wyposażonej pracowni komputerowej, biblioteki oraz stołówki. W czasie zajęć edukacyjnych- wychowawczych i kół naukowych wykorzystywane są sprzęty zakupione w ramach Projektu Laboratoria Przyszłości. W szkole działają koła ekologiczne, regionalne, dziennikarskie, turystyczne, artystyczne i robotyka.

Stanisław Kostera- kierownik szkoły 1958-1960.

Henryk Niewiarowski- kierownik szkoły 1960-1966.

Jan Kopczuk- kierownik szkoły 1966-1967.

Maria Zieńczyk- kierownik szkoły 1967-1970.

Wieczysław Fedosiewicz-kierownik 1970-1972,dyrektor szkoły 1972-1974.

Olga Sawczyńska- dyrektor szkoły 1974-1976.

Walentyna Kalinowska- kierownik filii 1976-1977.

Zenaida Filinowicz- kierownik filii 1977-1982, dyrektor szkoły 1982-1990.

Halina Pustelnik- dyrektor szkoły 1990-2018.

Sylwia Filinowicz - dyrektor szkoły 2018-2019.

Karolina Beata Wachol - dyrektor szkoły od roku 2019.